Para alcanzar sus objetivos, NYCE cuenta con una estructura organizacional claramente establecida en sus Estatutos. La estructura está compuesta por la Asamblea General de Asociados, la cual es el órgano supremo de la Asociación y por el Consejo Directivo, encargado de la conducción de la misma, así como por la Dirección General, responsable de la operación.
La Asamblea está integrada por 43 asociados, 21 fundadores, 12 numerarios precalificados “A”, 9 numerarios y 1 precalificado “B”, en tanto que el Consejo Directivo está conformado por 11 miembros propietarios, incluido el Presidente, y sus respectivos suplentes, quienes participan a título honorífico en representación de todos los sectores interesados en las actividades de NYCE. El Consejo Directivo cuenta también con un Secretario y un Tesorero electos por la Asamblea, así como por uno o varios Vicepresidentes, nombrado o nombrados por el Presidente, y algunos Consejeros Honorarios.
De los 11 Consejeros mencionados, 5 son designados por entidades representativas de los sectores oficial de Economía y de Comunicaciones y Transportes, de Educación e Investigación, Consumidor e Industria, éstas son: Dirección General de Normas de la Secretaría de Economía; Comisión Federal de Telecomunicaciones; Universidad Nacional Autónoma de México, Procuraduría Federal del Consumidor y Cámara Nacional de la Industria Electrónica, de Telecomunicaciones y Tecnologías de Información (CANIETI); mientras que 6, son electos de entre los asociados fundadores, numerarios y precalificados del organismo, pertenecientes a los sectores de Industria y de Comercio y Servicios.
Adicionalmente el Consejo Directivo cuenta con el apoyo de Comisiones de Trabajo, de carácter estatutario y no estatutario, que se desempeñan como órganos auxiliares atendiendo los asuntos de su especialidad cuando les es requerido por el Consejo, así como con Comités Técnicos de Normalización y de Certificación, integrados también por representantes de todos los sectores.